Kraj sam je bil poseljen že v rimski dobi, kar potrjuje rimski nagrobnik, ki je vzidan v južni steni ladje. Listinsko je Žalna prvič omenjena leta 1300 (Schelein). V poznejši listinah zasledimo nekoliko drugačne izraze, ki pa se ujemajo z današnjim imenom.
Prvotno je bila Žalna podružnica pražupnije Šmarje - Sap. Leta 1787 je postala lokalija, kar pomeni, da jo je vodil eden od šmarskih kaplanov. Leta 1878 je postala samostojna župnija.